现行物流成本管理存在许多问题，计算方法上没有切实掌握物流成本，尤其是没有切实掌握公司内部的物流费用。企业内部对于物流成本不甚了解，对于物流成本是什么也十分模糊。弄不清物流成本与制造成本，物流成本与促销费用的关系。物流成本中混有物流部门根本无法控制的成本。企业不同，物流成本的计算标准也不同，企业内部计算物流成本的标准时常改变，每一年度都变动的企业较多。另外，计算物流成本的目的也存在很多问题，比如计算物流成本的目的不明确，有的只是单纯地想了解物流费用，还没有达到利用物流成本的阶段，有的物流负责部门花费很大精力计算物流成本，但也只是计算一下物流成本多少而已。总的来说，物流成本管理还没有超出财务会计的范围。分析降低现行物流成本方面存在的问题主要有以下几点:第一，物流部门向高层管理人员报告的物流成本，只不过是“冰山一角”。而没有向他们生产、销售部门提供有关物流成本的确切的有价值的资料。降低物流成本只是靠物流部门去解决，而没有与生产和销售部门共同研究解决。第二，大多企业没有建立起多批次、小批量物流系统，只是企图在过去物流系统的基础上降低物流成本，没有注意到机构之间的壁垒，如支店之间的壁垒已成为降低成本的障碍，有的即使注意到了，也没有认真解决。第三，没有正规的负责物流会计的专门人员和机构，有的公司把降低物流成本的工作完全委之他人(物流专业人员或销售、生产部门)，而且各个企业计算物流成本的范围本不相同，可是有的企业却偏偏要做对比，并因此时喜时忧。

针对当前物流成本管理存在的问题，大多物流公司由于实行多批次、小批量配送和适时配送，也由于收货单位过多和过高的服务要求物流服务水平越来越高，导致运费上升;又由于商品品种增多，寿命缩短，必然出现库存增加，或时多时少，由此导致库存费用上升;由于缺乏劳动力导致人头费用增多;由于地价上涨导致物流中心投资费用增加;由于道路拥挤导致运输效率下降。凡此种种都在影响着物流成本。因此在这种情况下企业降低物流成本已成为当务之急。为降低物流成本，首先必须了解物流的实际情况，然后对物流系统进行分析，发现问题加以改进，最后建立起一个可行的新的物流系统。